Son Son órganos de gobierno de la Federación los siguientes:

1.      Asamblea General.
Cada Asociación tiene un representante, estando el voto ponderado en función de la cifra de empresarios autónomos acreditados.

2.      Junta Directiva.
Forma parte de la Junta Directiva un representante por cada Asociación, teniendo tantos votos como cada 50 autónomos afiliados tenga acreditados.

Tiene cuatro años de mandato y se compone de Presidente, Vicepresidentes (hasta cinco), Tesorero, Contador (estos dos cargos pueden recaer en una sola persona), Secretario y Vocales. Son nombrados por la Asamblea, pero cada Asociación puede modificar cuando lo estime conveniente quién le representará.
Se reúne cada semestre, como mínimo.

3.      Presidente, Vicepresidentes, Tesorero, Contador y Secretario.
Se eligen en la Asamblea, tras la presentación de candidaturas en listas cerradas, donde deben figurar candidatos a Presidente, Vicepresidentes, Tesorero, Contador y Secretario. Esta lista ha de resultar avalada por el 35% de las Asociaciones que a su vez representen al 35% de todos los autónomos representados por CEAT Madrid. El Presidente elegido en la Asamblea celebrada del 2 de marzo de 2010 fue D. Salvador Santos Campano, quien tras su dimisión producida el 28 de junio de 2011, está siendo sustituido por el Vicepresidente D. Tomás Gutiérrez Román.

4.      Comité Ejecutivo:
Se compone de 14 miembros como máximo, entre los que han de figurar el Presidente, los Vicepresidentes, el Secretario, el Tesorero, el Contador y cuantos vocales decida la Junta Directiva, a propuesta del Presidente. Actualmente, el Comité Ejecutivo se compone de las siguientes personas:

Presidente: D. Tomás Gutiérrez Román, de la Asociación de Autónomos de Hostelería de la Comunidad de Madrid La Viña Autónomos.

Vicepresidente Primero: D. José Moya Agudo, de la Asociación de Autónomos de la Carne y Otros Productos Alimentarios de la Comunidad Autónoma de Madrid.

Vicepresidentes: D. Gonzalo González Puente, de la Asociación de Trabajadores Autónomos del Sector Detallista de Pescados, Productos Congelados y Alimentación (ATRADEPESCA); D. Mariano Sancho Herrero, de la Asociación de Autónomos de Alimentación y Distribución de la Comunidad de Madrid. La Única Autónomos; y D. Julio Muñoz Agraz, de la Asociación de Autónomos del Metal de la Comunidad de Madrid (AMET).

Tesorero: D. Mariano Casado Sierra, de la Asociación de Autónomos de Colmenar Viejo y su Comarca.

Contador: D. Alejandro González Herrero, de la Asociación de Trabajadores Autónomos de Distribución de Frutas y Hortalizas de la Comunidad de Madrid, ADEFRUTAS Autónomos de Madrid.

Vocales: Dª. Pilar Zamora Jiménez, de la Asociación de Empresarios Autónomos del Sur (AEAS); D. Miguel Ángel Rivero García, de la Asociación de Empresarios Autónomos de San Sebastián de los Reyes – CEAT SS Reyes; D. Juan Vicioso Sanz, de la Asociación de Autónomos de Comercio y Servicios de la Comunidad de Madrid AUCYS; D. Jesús Martín Peinado, de la Asociación de Autónomos de Hospedaje de la Comunidad de Madrid (AEHCAM); y D. Enrique Fernández Marqués, de la Asociación de Vendedores Autónomos de Prensa de Madrid.

Secretario: D. Julio Muñoz Agraz, de la Asociación de Autónomos del Metal de la Comunidad de Madrid (AMET).